В галактике развязалась война. Канцлер Палпатин был похищен заместителем командующего Сепаратистов Генералом Гривусом. Рыцарь-джедай Анакин Скайуокер и магистр-джедай Оби-Ван Кеноби получают миссию освободить его. После убийства Графа Дуку и освобождения канцлера они попадают в плен к Генералу Гривусу и доставляются на капитанский мостик. Анакин и Оби-Ван освобождаются из плена, но Гривус убегает и оставляет джедаев и канцлера в ловушке на поврежденном терпящем крушение крейсере. Анакин с трудом приземляет корабль на Корусант.

После возвращения Анакин встречает свою жену, Падме Амидалу, которая говорит ему, что она беременна. Несмотря на беспокойства Падме об их секретной женитьбе, Анакин очень рад этой новости, и пара строит планы о своих детях. Анакина мучают кошмары о смерти Падме во время родов, видения похожи на те, что он видел перед смертью своей матери. Позже, Оби-Ван сообщает Анакину, что совет джедаев просит его следить за канцлером, так как они подозревают его в предательстве. Анакин обижен этим предложением, ибо всегда считал Палпатина своим учителем. Как охранник канцлера, Анакин постепенно развивает с ним близкую дружбу. Палпатин использует это, чтобы тонко управлять Анакином в их дискуссиях, заставляя его не доверять джедаям. Палпатин утверждает Анакину о том, что знал о способности предотвращать смерть. Эта новость заинтересовывает Анакина, который хочет препятствовать осуществлению его видений.

Оби-Вана посылают на планету Утапау, где он находит и убивает Генерала Гривуса. В это время на Корусанте Палпатин признается Анакину, что он Владыка Ситхов Дарт Сидиус. Анакин уходит, чтобы выдать его совету джедаев. Узнав от Скайуокера страшную весть, магистр-джедай Мэйс Винду во главе нескольких джедаев врывается в офис Палпатина и после короткого сражения выигрывает. Когда в офис приходит Анакин, он видит, что Винду хочет убить канцлера. Анакин обезоруживает Винду, веря, что только Палпатин знает путь к спасению его жены. Сидиус с помощью атаки электричеством скидывает Винду в окно. Дарт Сидиус берёт Анакина в свои ученики и дает ему ситхское имя Дарт Вейдер. Он приказывает Вейдеру убить всех в храме джедаев, а затем отправиться на Мустафар и убить всех лидеров Сепаратистов. Палпатин, используя запрограммированую в клонах директиву, называемую Приказ 66, отдает им приказ восстать против своих джедаев-генералов. Все джедаи в галактике погибают, кроме Йоды и Оби-Вана.

Дарт Вейдер убивает всех молодых джедаев в Храме Джедаев. После этого он приходит к Падме и пытается убедить её, что джедаи пытались предать Республику. Затем он улетает на Мустафар, где убивает лидеров Сепаратистов. Сенатор Бэйл Органа встречается с Оби-Ваном и Йодой и доставляет их в храм джедаев. Палпатин сообщает сенату о заговоре джедаев с целью свергнуть Республику и говорит, что Республика будет переформирована в галактическую Империю. В храме джедаев Оби-Ван и Йода посылают сигнал всем джедаям спасаться. Оби-Ван просматривает записи службы безопастности и видит, как Анакин получает указания от Сидиуса и убивает джедаев в храме. Оби-Ван решает найти и убить Вейдера. Он встречается с Падме, которая не может поверить, что Анакин перешел на тёмную сторону. Когда она улетает на Мустафар, Оби-Ван скрытно пробирается к ней на борт.

Йода же отправляется в здание сената, чтобы сразиться с Дартом Сидиусом. После жестокого и смертельно опасного сражения Йода терпит поражение. С помощью сенатора Органы он успевает спастись от смерти. Разочаровавшись в самом себе, Йода решает уйти в отшельники.

Оби-Ван Кеноби и Дарт Вейдер сражаются на Мустафаре.

Амидала прилетает на Мустафар и встречает Вейдера. Падме умоляет Анакина оставить публичную жизнь и остаться с ней, но он отказывается — веря, что он сможет свергнуть Палпатина, так что он и Падме будут управлять Галактикой вместе. Вейдер видит, как с корабля Падме спускается Оби-Ван и считает, что Падме предала его. В ярости, используя Силу, он душит её до потери сознания. Оби-Ван и Вейдер вступают в яростную битву. Дуэль приводит их к лавовым рекам вулканической планеты. Наконец, Оби-Ван получает преимущество над своим противником в высоте, но Вейдер пытается атаковать снова, и Оби-Ван наносит ему смертельный удар. Вейдер падает на край лавовой реки и загорается, получая серьёзные ожоги. Оби-Ван улетает с Мустафара вместе с раненой Падме и мечом Анакина. На планету прибывает Дарт Сидиус, который забирает Анакина, находящегося на краю смерти, с собой.

Падме оказывают медицинскую помощь, и хотя она физически здорова, её желание жить пропало: она умирает. Тем не менее, медицинские дроиды спасают её детей — двойняшек, мальчика и девочку. Перед смертью Падме даёт им имена Люк и Лея и просит Оби-Вана спрятать их от Анакина.

На Корусанте в тело Анакина вживляют кибернетические протезы и имплантанты. Вейдера одевают в чёрную броню, которая позволяет ему выжить. Когда Вейдер спрашивает Императора Палпатина о состоянии Падме, тот отвечает, что Вейдер, будучи в ярости, сам убил её. Вейдер в страшном гневе кричит и уничтожает дроидов и оборудование в комнате, пока Сидиус наблюдает за ним со зловещей улыбкой на лице.

На борту Тантива IV Оби-Ван, Йода и Бэйл Органа соглашаются держать детей в секрете. Оби-Ван и Йода будут следить и ждать, когда дети Скайуокера смогут встать на борьбу с Ситхами. Лею забирают на Алдераан, чтобы жить с королевой и Бэйлом Органа, а Люка увозят на Татуин к Оуэну и Беру. Ситхи победили, но надежда всё ещё осталась…